El sistema de tres dominios es una clasificación biológica propuesta por Carl Woese y colaboradores en 1977, que clasifica el árbol de la vida en tres grupos primarios: Bacteria,Archaea y Eucarya. Woese se basó en las diferencias encontradas en la secuencia del ARN ribosomal de la subunidad menor, para concluir que estos grupos se desarrollaron por separado de un progenitor común llamado progenote.
Este sistema llamado de tres dominios, reemplaza al anterior sistema de dos imperios formado por los grupos Eukaryota y Prokaryota.
Para describir estas tres grandes ramas, Woese se permitió tratarlas como dominios en 1990,1siempre promoviendo la separación de los dos grupos procariotas.
Aunque rápidamente la mayoría de los sistematistas moleculares aceptó el sistema de tres dominios, algunos biólogos como Mayr lo criticaron por dar demasiado énfasis a la singularidad de las arqueas y por ignorar las fuertes similitudes entre los grupos. Sin embargo, estudios posteriores han confirmado que la membrana de las células de las arqueas tiene una composición inusual, así como la estructura de sus flagelos. Otras diferencias significativas son los sistemas de las arqueas para la replicación del ADN y la transcripción, que son bastante diferentes a las de los eucariotas. Por ejemplo, las ARN polimerasa de las arqueas constan de hasta 14 subunidades, mientras que las ARN polimerasa de las bacterias sólo tiene 4. Los análisis de dichas subunidades sugieren que están más estrechamente relacionadas a las encontradas en los eucariotas. Así también, las arqueas producen un número de proteínas de unión al ADN similar a lashistonas de los eucariotas.
